O arquivo é seu. O programa que o lê, não.
Um download .qfx é o seu histórico de transações, organizado para um importador. O Quicken para Windows importa arquivos CSV, QFX, QIF, QXF e TAX, e essa lista é a razão de ser da extensão. O Conversor de QFX para PDF transforma o download em algo que você mesmo consegue ler. Ninguém precisa instalar um programa de contabilidade só para ver um extrato.